瑞丽疫情的主要原因 是从缅甸输入。据云南省疾控中心病毒基因测序提示，引起瑞丽疫情的病毒全基因组序列高度同源，与缅甸上传至全球共享流感数据倡议组织（GISAID）数据库的28条基因组序列同属B.1.36.16进化分支。这表明病毒很可能是通过人或物从缅甸输入瑞丽市，与国内其他地方由输入导致的本土聚集性疫情的病毒基因组不存在关联性。
此外，瑞丽市与缅甸接壤，边境线长且复杂，多为山林荒地，尽管边境的巡逻和管理工作一直很严，但仍存在漏网之鱼从边境线偷跑入境的情况，这增加了防范境外疫情输入的难度和责任。
因此，瑞丽疫情的引起与边境的地理位置和复杂的边境管理有关，而病毒的输入则主要是通过人或物从缅甸进入。
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